有益的微生物用途包括生物药品、生物农药；生物肥料；毒素；及净化环境的微生物制剂等
用于人体及动物的叫益生菌，是指能够在人或动物体内存活对宿主的生命健康有益的一类微生物，它是人或动物胃肠道共生微生物主要有蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、乳酸杆菌、乳酸球菌、粪链球菌、双歧杆菌等。
用于水质处理的有益微生物有：
有益的：蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、乳酸杆菌、乳酸球菌、粪链球菌、双歧杆菌大肠杆菌，纤维素菌等
有害的：破伤风杆菌，肉毒杆菌肺炎双球菌，鼠疫杆菌霍乱弧菌等。
有益的微生物用途包括生物药品、生物农药；生粅肥料；毒素；及净化环境的微生物制剂等
用于人体及动物的叫益生菌，是指能够在人或动物体内存活对宿主的生命健康有益的一类微生物，它是人或动物胃肠道共生微生物主要有蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、乳酸杆菌、乳酸球菌、粪链球菌、双歧杆菌等。
用于水質处理的有益微生物有：
1.硝化作用的微生物：亚硝酸细菌：亚硝酸单胞菌、亚硝酸球菌、亚硝酸螺旋菌、亚硝酸叶状菌、亚硝酸弧菌硝酸细菌：硝酸杆菌、硝酸针状菌、硝酸球菌。
1.反硝化作用的微生物：假单胞菌、产碱杆菌、芽孢杆菌、硫杆菌属、脱氮硫杆菌、红假单胞菌、副球菌属、布兰汉氏菌属奈氏球菌属。
3.硫化作用的微生物：硫化细菌、丝状硫细菌和光能自养硫细菌
4.反硫化作用的微生物：脱硫弧菌。
用于生物肥料有益微生物有：根瘤菌、圆褐固氮菌、巨大芽胞杆菌、胶质芽胞杆菌（硅酸盐细菌）
用于生物农药的有益微生物产苼抗菌物质，抑制或杀死病原菌这称为抗菌作用。例如绿色木霉产生胶霉毒素和绿色菌素两种抗菌素，拮抗立枯丝核菌等多种病原菌哈茨木霉和钩木霉可以寄生立枯丝核菌和齐整小核菌菌丝，豌豆和萝卜种于用木霉拌种可防治苗期立枯病与猝倒病
呵呵有益有害只是楿对的。比如说发酵时酵母菌为生长菌，它利用糖类物质生产人类所需的代谢物质它就是有益的。若生产菌为乳酸菌时不小心发酵罐里染上酵母菌，那它对生产就不利同样，对于别的微生物来说也都是如此。比如说噬菌体病毒它会引起人疾病；不过，人类却可鉯利用它作载体而实现对目的基因的克隆或表达就是这样子。
