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SNP分析命令
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你可能喜欢[发明专利]一个影响猪肉品质性状的SNP标记及其应用在审
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公开/公告号：CNA
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【说明书】：
本发明之四提供了一种确定猪的肉质好坏的方法，所述方法包括：确定猪的所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定猪的肉质好坏：当所述猪在所述第位点的基因型为CC型时，所述猪的肉质明显优于该位点为CT基因型或TT基因型的猪。本发明之五提供了一种根据所述的SNP标记的应用。例如，可以是在种猪肉质性状的遗传改良中的应用。本发明之六提供了一种与如上所述的包括所述SNP标记的核酸序列核酸序列能够严谨杂交的核酸序列。该提供的核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。在这里，可以举例来说明―如上所述的包括所述SNP标记的核酸序列”，即所述核酸序列可以选自DNA序列，其位于猪的15号染色体上，且包括所述的SNP标记的核酸序列。例如，所述核酸序列可以选自SEQ ID NO:1，所述核酸序列也可以选择cDNA，例如，其可以选自SEQ ID NO:3。本发明之六提供的核酸序列能够用于种猪在肉质性状的遗传改良中的应用。在一个具体的实施方式中，所述核酸序列具有与SEQ ID NO:1 90％以上的相似性，且其编码的蛋白质与如SEQ ID NO:3的蛋白质具有相同的功能。例如，所述核酸序列可以是根据SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列进行的人工改造的核酸序列，此人工改造的核酸序列可以用于后续的基因工程或遗传工程中，所述人工改造包括密码子的优化，一个或多个位点的定点突变、插入突变或缺失突变，或者类似所列举的这些常规手段的组合。本发明之七提供了一种如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列在猪脂肪沉积性状中的应用。例如利用鉴定SEQ ID NO:3的第53个氨基酸是为脯氨酸(Pro)还是为亮氨酸(Leu)来判定种猪的SNP标记：当SEQ ID NO:3的第53个氨基酸为脯氨酸(Pro)时，所述SNP标记为C；当SEQ ID NO:3的第53个氨基酸为亮氨酸(Leu)时，所述SNP标记为T；当SEQ ID NO:3的第53个氨基酸为脯氨酸(Pro)时，所述猪的肉质明显优于SEQ ID NO:3的第53个氨基酸为亮氨酸(Leu)的猪。附图说明图1.杜长大商品猪的背最长肌糖原含量，糖原酵解潜能(GP)，pH值，滴水损失，亮度(L*)，红度(a*)，黄度(b*)及肉色主观评分的GWAS分析图，上述八张图的横坐标均表示猪的染色体编号，纵坐标表示-logP值。图2.15号染色体上PRKAG3基因区域77Kb的范围内haploview分析，最显著位点rs42与周边SNP的连锁情况图。图3.猪AMPK Elisa试剂盒检测PRKAG3基因中错义突变rs42不同基因型(CC，CT基因型各6个)肌肉组织的AMPK酶活性差异情况。图4.荧光定量PCR方法检测PRKAG3基因中错义突变rs42不同基因型(CC，CT基因型各6个)在肌肉组织中的表达差异情况。图5.PCR-RFLP方法检测多态位点基因型，从图5可以看出，使用Eco0109I限制性内切酶酶切所述的PCR产物，当突变位点为C时，酶切后的片段为235bp和169bp；当突变位点为T时，酶切后的片段为404bp(即该PCR片段不能被酶切)。其中1，2，3号个体为CT基因型，4，5个体为CC基因型。具体实施方式下面结合实施例和附图对本发明做以下详细说明。实施例11、实验动物本发明所使用的实验猪群体共有2个：试验群体为从九江修水猪场购买的杜长大猪；验证群体为温氏猪场的杜长大商品猪。试验群体是以杜洛克为终端父本，长白×大白的杂交猪种作为母本而得到的610三元杂交商品猪，其中包括阉割公猪306头，母猪304头。它们都是从九江修水猪场购买的，按照统一的管理条件和饲养标准进行饲养，等到达上市体重(90～100kg)后，则将这些商品猪运至南昌市的国鸿屠宰场，接着禁食24h，并采用统一电击麻醉方式及心脏放血的方式进行屠宰。验证群体是温氏猪场的150头商品猪。按照试验群体相同的喂养和屠宰方式进行屠宰。2、肉质表型测定猪屠宰30分钟至45分钟后，取左胴体第10根至最后一根肋骨的背最长肌组织进行9个肉质性状表型测定，所测表型包括：糖原含量，乳酸，GP，pH值，滴水损失，肉色(Minolta a*，b*和L*)和肉色主观评分。利用肌糖原、乳酸测试盒(购自南京建成生物研究所，货号分别为A043、A019-2)，检测每个个体肌肉样品中糖原和乳酸含量；pH值的测定是用德国梅特勒公司生产的Delta320pH Meter仪器进行测定的，测定前分别用pH为7.00及4.01的标准缓冲液进行校正，每份肌肉样品测定2次，取其平均值作为最后结果；滴水损失的测定采用EZ-管法。用圆形取样器取样，将肉样装入EZ-管(KABE Labortechnik,Numbrecht-Elsenroth,Germany)，然后在冰箱(0～4℃)中悬挂规定时间后称重。滴水损失计算为滴水重(肉样前后两次称重的差值)占初始重的百分比；用Minolta色度仪CM-d测定肉的亮度(L*)、红度(a*)和黄度(b*)；肉色主观评分的测定首先是切开肌肉组织，使横切面暴露空气中约5-8分钟，再用NPPC标准肉色评分板进行评分，该评分板总共有6个评分值，1＝灰白色，6＝暗紫色。3、猪全基因组60K SNP芯片扫描本研究将屠宰的610头杜长大个体的耳样保存于75％乙醇的2mL DNA管中。采用实验室统一的标准的苯酚/氯仿抽提方式提取全基因组DNA。等到DNA充分溶解后，采用Nanodrop-1000核酸蛋白分析仪对DNA样品进行质量和浓度检测。合格DNA样品统一稀释到50ng/ul，按照Illumina公司提供的protocol对样本进行芯片扫描完成实验。利用PLINK v1.07软件对所有样本60K SNP芯片扫描分型数据进行质控，剔除检出率小于99％，次等位基因频率小于0.01，偏离哈代温伯格平衡P≤10-5的SNP标记及排除检出率小于90％的个体。质控后最终有610个个体和39369个SNP用于全基因组关联分析。利用Bonferroni方法来确定全基因组显著阈值，染色体的显著水平为2.54×10-5(1/39369),基因组显著阈值为1.27×10-6(0.05/39369)。由于Bonferroni确定阈值的方法比较严格，因此在分析时，采用降低的阈值(如P＝1.00×10-4)来检测一些可能中度连锁的QTL及多效QTL。本研究用国际猪基因组参考序列10.2版本确定SNP的物理位置。4、全基因组关联(GWAS)分析GWAS分析结果如表1所示，从表中可以看出，GWAS在15号染色体上总共鉴别到了15个与糖原含量，滴水损失，红度(a*)，黄度(b*)，亮度(L*)，肉色评分和pH值相关的显著性位点。其中糖原含量的最强关联SNP SS位于129.79Mb，滴水损失，红度(a*)，黄度(b*)最强关联SNP为位于134.39Mb的同一个SNP SS。此外，在127.42Mb处存在显著影响亮度(L*)和肉色主观评分的SNP位点SS以及在126.78Mb处也定位到影响pH值的SNP位点SS。因此，根据GWAS结果及结合位置候选基因的功能注释信息认为PRKAG3为该QTL的强候选基因。表1杜长大群体15号染色体上与肉质性状相关的GWAS结果5、PRKAG3基因中R225Q，T30N，G52S和I199V与肉质的关联性分析
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【求助】有关haploview的疑惑
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这个帖子发布于5年零181天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我要查找SLC6A4基因的tag snp,下载了haploview,也按步骤（百度上搜查到得）把hapmap所查对应数据导入haploview中，却提示hapmap date format error:NA18525。实在是不知道怎么解决，请各位高手帮忙。谢谢！！
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这个问题可能是由于所选浏览器与所使用的haploview软件的版本不匹配造成的，如果是使用的haploview4.1，就只能用phase1&2-full dataset这个来搜索基因信息，也就是说haploview4.1打不开关于phase3下载下来的数据。——转自其它战友，祝你成功。
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遇到了相同的问题，求解答~
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这个问题可能是由于所选浏览器与所使用的haploview软件的版本不匹配造成的，如果是使用的haploview4.1，就只能用phase1&2-full dataset这个来搜索基因信息，也就是说haploview4.1打不开关于phase3下载下来的数据。——转自其它战友，祝你成功。
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！！但是我用的是haploview最新的版本
也会出现你说的上述问题吗？？你的你解决了吗？
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！！但是我用的是haploview最新的版本
也会出现你说的上述问题吗？？你的你解决了吗？我的解决了~
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fushenghuimeng 我的解决了~你怎么解决的啊？？
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同样的问题，求解~
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换个phase就解决了
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fushenghuimeng 我的解决了~你好，请问你的问题是怎么解决的啊？我也在找标签snp,头疼啊
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我知道原因。haploview软件对phaseIII的数据识别出现问题。hapmap网站上有说明的。: Haploview issues with rel 28 dataRecently, there are several questions about Haploview data format errors when users tried to analyze HapMap release 28 data. The current Haploview version (4.2) does not recognize the new individuals in release 28 and the software will generate an error similar to "Hapmap data format error: NA18876" when trying to open the data.Haploview is developed and maintained by an organization different from HapMap. Please contact Haploview help desk (haploview@broadinstitute.org) for questions specific to this software.解决的办法就是换phaseII的数据。大家清楚了吗？
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在哪里换phaseII的数据呢，能不能说的详细一点
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关于丁香园关注今日：0 | 主题：55354
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【求助】如何将实验中所得的SNP数据用Haploview进行分析
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这个帖子发布于9年零56天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
从实验中通过SNP 分型得到的病例组与对照组数据输入HAPLOVIEW软件中进行单体型分析？
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Haploview的说明中有数据格式，你照着编辑一下就行
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bioyoung Haploview的说明中有数据格式，你照着编辑一下就行请教楼上：为什么Haploview 4.0 里面的linkage format 里面的 case control data 的选项是灰色不可选的？如果是病例对照的样本该选择哪种数据输入形式？是haps format 还是 linkage format 还是PHASE format? 先谢谢！
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楚楚 请教楼上：为什么Haploview 4.0 里面的linkage format 里面的 case control data 的选项是灰色不可选的？如果是病例对照的样本该选择哪种数据输入形式？是haps format 还是 linkage format 还是PHASE format? 先谢谢！用linkageformat，每个个体都是一个家系。这样就可以了用haploview里的case-control了。
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z_lu_er 用linkageformat，每个个体都是一个家系。这样就可以了用haploview里的case-control了。谢谢你！ 我将数据引入，是不是符合H-W平衡的基因才能构建单倍体型？我只有两个SNP，能否构建单倍体？谢谢先！
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