[经典]PBS,QSUB常用命令【2】
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&&&-v 格式为variable1,variable2,…或variable1=value,variable2=value,…这些变量和其值可以传递到作业中。&&&&-V 指定qsub命令的所有的环境变量都传递到批处理作业中。&&&&作用: 以脚本文件的形式向批处理服务器提交作业。&&&&举例:&&&&运行MPI程序的脚本cpi.ljrs如下：&&&&#!/bin/sh&&&&### Job name&&&&#LJRS -N test&&&&### Declare job non-rerunable&&&&#LJRS -r n&&&&### Output files&&&&#LJRS -e test.err&&&&#LJRS -o test.log&&&&### Mail to user&&&&#LJRS -m ae&&&&### pool name (small, medium, long, verylong)&&&&#LJRS -q dque&&&&### Number of nodes (node property ev67 wanted)&&&&#LJRS -l nodes=8:batch&&&&# This job’s working directory&&&&echo Working directory is $LJRS_O_WORKDIR&&&&cd $LJRS_O_WORKDIR&&&&echo Running on host ‘hostname‘&&&&echo Time is ‘date‘&&&&echo Directory is ‘pwd‘&&&&echo This jobs runs on the following processors:&&&&echo ‘cat $LJRS_NODEFILE‘&&&&# Define number of processors&&&&NPROCS=‘wc -l < $LJRS_NODEFILE‘&&&&echo This job has allocated $NPROCS nodes&&&&# Run the parallel MPI executable “a.out”&&&&mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS cpi&&&&1、把脚本文件cpi.ljrs提交到结点池dque中运行。&&&&$ qsub cpi.ljrs&&&&35.console&&&&$ qstat&&&&Job id Name User TimeUse S Pool&&&&35.console cpi zhangxq 0:00:00 R dque&&&&2、把脚本作业cpi.ljrs提交到结点池long中运行，并且当作业开始运行时，给用户发送电子邮件。&&&&$qsub -P long -m b cpi.ljrs $qstat&&&&Job id Name User TimeUse S Pool&&&&36.console cpi zhangxq 0 R long&&&&3、使用15个结点运行cpi.ljrs，运行时间不能大于2小时，作业占用的内存能大于15mb&&&&$qsub –l nodes=15,walltime=2:00:00,mem=15mb cpi.ljrs&&&&4、综合考虑CPU、内存、缓冲区、硬盘等因素的使用情况，设置其权值分别为5, 4, 3, 2.&&&&$qsub –l nodes=5 -n syn –L 5, 4, 3, 2 cpi.ljrs&&&&5、使用-I和–l选项在指定的结点上交互式运行作业&&&&$ qsub –I -l nodes=c0101&&&&运行该命令后,系统将自动切换到c0101的虚拟终端,所有的标准输入和标准输出和标准错误输出均都显示在该终端上. 在系统出现”waiting to jobid to start”时,用户若按^C键,即可中断该交互作业.当该交互作业已经启动后,用户除了交互式运行作业外,还可进行以下操作:&&&&~. 该命令将使qsub退出，且终止作业。&&&&~^Z挂起qsub,作业依然保持运行状态，无任何输入输出。用户可以在本地shell上提交命令。&&&&~^Y部分挂起qsub，因为还可以给作业发送输入，而且接受作业的输出的同时，还可以在本地shell提交命令。&&&&2、查看状态qstat&&&&语法：qstat [-f][-W site_specific] [job_identifier... | destination...]&&&&qstat -Q [-f][-W site_specific] [destination...]&&&&qstat -B [-f] [-W site_specific] [server_name...]&&&&参数：destination可以为pool，@server，&&&&作用：查看作业、结点池和批处理服务器的状态。命令格式一可以输出所指定作业ID或者结点池中所有作业的状态，命令格式二可以输出每个结点池的状态信息，命令格式三可以输出服务器的状态。&&&&举例：&&&&1. 显示已经配置的所有结点池状态信息。&&&&qstat -q&&&&2. 显示已经提交的作业状态信息&&&&qstat -a&&&&3. 显示指定作业的所有状态信息&&&&$ qstat -f 23.console&&&&mtime = Sun Apr 28
特别声明：怎么杀掉qsub提交上的无效ID_百度知道
怎么杀掉qsub提交上的无效ID
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然后在主城界面右上角找到其他，那个14位的数字就是ID这个ID是指最新联动活动中说的那个吧，这个需要下载安装《主公受惊了》，点进去找到帐号
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出门在外也不愁qsub命令 - pptwapaopa - 博客园
用户通过qsub命令来向系统提交任务，有两种方式提交：脚本方式和命令行方式。（一般情况下，不允许root用户使用qsub命令提交作业）。下面先讲一下用这两种方式提交作业的过程。脚本方式提交用户将需要执行的程序或命令写入脚本中，再加入一些必要或者可选的语句，就可以通脚本方式提交。脚本提交比较方便，用户可以用最简单的文字编辑器（例如 vi）编写一个脚本，然后使用 qsub 命令提交该脚本，pbs 会按照脚本内容执行相应的任务。脚本提交的不足之处就是需要用户执行任务前编写脚本。脚本方式提交任务的一般格式为：qsub [script_name]，script_name 是任务脚本的名称。下面介绍 pbs 任务脚本的编写方法。pbs 任务脚本包括三部分：&&&&* shell 说明语句：用来说明用户使用的是哪种 shell，例如 #!/bin/sh说明用户需要使用 Bourne shell，如果用户没有指定，则默认为 Bourne shell&&&&* pbs 指示语句：pbs 指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务的一些属性的。以#PBS开头，如#PBS &N taskname 是用来设置任务名称的。pbs 指示语句是可选的，用户可以不用关心它如何写，系统会自动设置。&&&&* pbs 指示句的一个主要作用是请求任务执行时所需要的系统资源，如 cpu 数目，存储容量，运行时间，运行优先级等等。以脚本方式提交的任务的资源请求是通过 pbs 指示语句，一般格式为 #PBS &l [选项=] [选项对应的值]，如#PBS &l ncpus=5 表示请求 5 个cpu为之服务。系统资源如下所示arch 所需要的系统结构，只用在资源块中 -l arch=linuxcput 任务的所有进程拥有的最大 cpu 执行时间 -l cput=1:00:00file 任务能够创建的文件的大小 -l file=45mbhost 指定执行主机的名称 -l nodes=X:host 分配 X个主机名称 中含有 host的执行节点mem 任务的所有进程能够分配到的最大物理内存数 -l mem=100mbncpus 请求的 cpu数 -l ncup=5nice 任务运行时的 nice 优先级值 -l nice=3pcput 任务的任何一个进程拥有的最大 cpu 执行时间 -l pcput=1:00:00pmem 任务的任何一个进程能够分配到的最大物理内存数 -l pmem=45mbpvmem 任务的任何一个进程能够使用的虚拟内存的最大数 -l pvmem=100mbvmem 任务的所有并发进程能够使用的最大虚存数 -l pvmem=100mbwalltime 任务可以处于运行态的最大 wall-clock 时间 -l walltime=1:00:00custom resources 用户自定义资源最常用的几种资源是：walltime, ncpus, mem, host。其它可以不用太关心。&资源请求的两种方式：a、资源块方式：资源块是将任务所需的资源作为一个整体，这个整体中说明了所需要的各种资源的数目。其格式为：-l select=[N:]chunk[+[N:]chunk&]，如qsub &l select=2:ncpus=3:mem=4gb:arch=linux ，select=2表示需要2个这样的资源块，一个资源块包括3个cpu，4gb的内存，系统结构要求是linux，即总共需要6个cpu，8gb的内存。再如：-l select=2:ncpus=1:mem=10GB+3:ncpus=2:mem=8GB:arch=solaris注意中间的+号，是两个资源块的分隔符b、请求全任务(job-wide)资源：格式为 &l&&keyword=value[,keyword=value ...]如：qsub -l ncpus=4,mem=123mb,arch=linux任务（程序或命令）：可以是用户程序（如C程序），也可以是系统命令下面是一个完整的任务脚本例子，脚本名为 mytask：&&&&&&&1. #!/bin/sh&&&&&&&&&&&&&&&&&//指明所用的 shell&&&&&&&2. #PBS &N mytask&&&&&//设置任务名称&&&&&&&3. #PBS -l walltime=1:00:00&&&&&&&//请求任务执行时间&&&&&&&4. #PBS -l select=ncpus=4:mem=400mb&&&&//请求任务执行所需资源&&&&&&&5. #PBS -j oe&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&//设置相关属性(文件合并)&&&&&&&6. date /t&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&//系统命令（打印日期时间）&&&&&&&7. .\my_application&&&&&&&&&&&&&&&&&//所要执行的任务(当前目录名为 my_application的任务)&&&&&&&8. date /t&&&&&&&//&&系统命令第 1 行说明所用的 shell；第 2 至5 行是 pbs 指示语句，设置了任务的一些属性，并请求了资源；第 6 至8行是要执行的命令及任务。编写完脚本后，使用 qsub 命令提交脚本，在 shell下输入：&&&&qsub mytask后敲回车。系统会输出一个任务标识符：sequence-number.servername，如 ode01。sequence-number是任务编号，后面需要用这个号查看任务的执行状态，ervername是 pbs server的名称。命令行方式提交命令行方式提交不用写脚本，用户可以直接从命令行输入。输入的内容基本上和在脚本中输入的相同。其基本格式如下：qsub &return&&&&&&&&&&//输入qsub命令后回车[directives]&&&&&//pbs指示语句（以#PBS为前缀）[tasks]&&&&&&&//任务或命令ctrl-D&&&&&&&&//结束输入，提交任务对于上面用脚本方式提交的任务，用命令行方式提交的格式如下：&&&&&&&1. qsub&&&&&&&2. #PBS &N mytask&&&&&&&3. #PBS &l walltime=1:00:00&&&&&&&4. #PBS &l select=ncpus=4:mem=400mb&&&&&&&5. #PBS -j oe&&&&&&&6. date /t&&&&&&&7. ./my_application&&&&&&&8. date /t注：以命令行方式提交任务时，这些命令选项都要以 pbs 指示语句的格式给出，即选项之前要加前缀#PBS。任务提交后，用户如果要知道任务的当前运行状态，可以通过 qstat 命令查询。qstat 命令的常用选项有：无选项：当 qstat 命令不带任何选项时，以默认方式显示任务信息，例如&&&&[soofree@node32]$ qstat&&&&Job id&&&&&&&&&&&Name&&&&&&&&&&&&&User&&&&&&&&Time Use&&&S&&&&&&&&&&&&&&&Queue&&&&&&&&&-&&&&&&&&-&&&&&&&&&&&-&&&&&&&&&&&&&&&&&569.node32&&&&test&&&&&&&&&&&&&soofree&&&&&&&&&&0&&&&&&&&&&&&&R&&&&&&&&&&&&&&&small其中，Job id 是任务的标识符，Name 是任务名称，User是任务所有者，Time Use 是CPU使用时间，S 是任务当前状态（本例中 R表示正在运行），Queue表示任务所在队列。任务的状态如下：&&&&&&&&* B&&只用于任务向量，表示任务向量已经开始执行&&&&&&&&* E&&任务在运行后退出&&&&&&&&* H&&任务被服务器或用户或者管理员阻塞&&&&&&&&* Q&&任务正在排队中，等待被调度运行&&&&&&&&* R&&任务正在运行&&&&&&&&* S&&任务被服务器挂起，由于一个更高优先级的任务需要当前任务的资源&&&&&&&&* T&&任务被转移到其它执行节点了&&&&&&&&* U&&由于服务器繁忙，任务被挂起&&&&&&&&* W&&任务在等待它所请求的执行时间的到来(qsub -a)&&&&&&&&* X&&只用于子任务，表示子任务完成再举一例，使用-a 选项指定任务开始执行时间：&&&&[soofree@nod32]$ qsub -a 2102 test&&&&571.node32&&&&[soofree@node32]$ qstat&&&&Job id&&&&&&&&&&&Name&&&&&User&&&&Time Use S&&Queue&&&&&&&&&- &&&&&- &&&&&- &&&& & &&&&&&&ode01&&&&&&test&&&&&&&soofree&&&&&0&&&&W&&&&default此时任务状态(S)显示 W，表示任务正在等待执行时间的到来SGE简介及学习笔记-qsub(负荷,管理员,类型,集群) - 生物信息 - 生物秀
标题: SGE简介及学习笔记-qsub(负荷,管理员,类型,集群)
摘要: [SGE简介及学习笔记-qsub(负荷,管理员,类型,集群)]Sun Grid Engine（现在叫做 Oracle Gird
Engine）是一套开源的分布式资源管理软件，用来统一管理和利用所有（愿意被管理的）电脑上的资源，使得这些电脑（集群）使用起来就像一台电脑一样，
好处是可以随意扩展总的计算资源（买更多的电脑加入集群），并且管理上就像使用一台电脑一样方便。使用者只需要把需要计算的工作准备…… [关键词:管理员 负荷 类型 集群 优先级 拷贝 缩写 先决条件]……
Sun Grid Engine（现在叫做 Oracle Gird
Engine）是一套开源的分布式资源管理软件，用来统一管理和利用所有（愿意被管理的）电脑上的资源，使得这些电脑（集群）使用起来就像一台电脑一样，
好处是可以随意扩展总的计算资源（买更多的电脑加入集群），并且管理上就像使用一台电脑一样方便。使用者只需要把需要计算的工作准备好，提交到 Sun
Grid Engine (SGE)，SGE 就会根据已经订好的管理策略以及使用者的需求在集群里找到合适的电脑来完成计算工作。SGE
主要用在高性能计算、网格计算等领域。命令：qsub
submit a batch job to Grid Engine.qsh
submit an interactive X-windows session to Grid Engine.qlogin -
submit an interactive login session to Grid Engine.qrsh
submit an interactive rsh session to Grid Engine.qalter -
modify a pending batch job of Grid Engine.qresub -
submit a copy of an existing Grid Engine job. 语法：
qsub [ options ] [ command | -- [ command_args ]]
qsh [ options ] [ -- xterm_args ]
qlogin [ options ]
qrsh [ options ] [ command [ command_args ]]
qalter [ options ] wc_job_range_list [ -- [ command_args ]]
qalter [ options ] -u user_list | -uall [ -- [ command_args ]]
qresub [ options ] job_id_listqsub命令用来向SGE提交批处理作业，SGE支持单或多节点作业。 Command可以是一个二进制文件路径或一个作业运行脚本，这个脚本指定了作业运行的shell类型、作业类型、可执行文件路径、输入输出文件等参数。qsh命令用来提交带xterm交互式作业，在执行主机上开启X-windows.qlogin命令与qsh相似也是提交交互式作业到队列中，只是它不开启X-windows，而是利用现在的终端传送I/O，该命令与远程主机建立telnet连接，使用标准的server-client命令qrsh命令与qlogin类似，与远程主机通过rsh连接。该命令同时集成了一个在集成交互式作业时非常有用的特性，当设定了 QRSH_WRAPPER变量时，该变量可代替用户的login in shell.qalter可用来改变处于pending状态的作业属性。qresub命令允许用户通过拷贝处于pengding或runing状态的作业来创建新的作业。新建作业与原作业具有相同的属性，并被分配了新的job ID和hold状态。该命令可用来先拷贝一个作业再修改其属性。options-a date_time 作业开始运行时间-b y[es]|n[o]判断作业指定是二进制文件或scripts。y ：是 n：scripts-c 定义作业是否进行checkpoint.
n 不进行checkpoint，s 当批处理服务器当机时进行checkpoint，m当CPU负载小时进行checkpoint，x当作业暂停时进行checkpoint， 每隔一定时间进行checkpoint。m,参数将在queue中定义-ckpt 定义checkpoint环境，同时用来声明该作业需进行checkpoint-cwd 从当前工作路径运行作业-display 使用X-windows-dl date_time 定义作业到期时间，在作业到期时间之前，作业的优先级会逐步提高，直到管理员指定的最高级别。-e 指定输出error文件的路径及文件名-hard 定义作业被调度的硬性要求-h 作业hold类型。u：表示用户hold,s:表示系统hold，o：表示被操作员hold，n：取消hold ，U：取消用户hold，S：取消系统hold，O：取消操作员hold。-hold_jid wc_job_list 定义作业的依赖关系，制定作业需要在指定作业正常结束后才可以开始运行。wc_job_list 可以是JOB ID或作业名-hold_jid_ad wc_job_list 定义阵列作业的依赖关系-i 定义输入文件-inherit 该参数只能 qrsh 、qmake可以使用。qrsh允许在一个已经被调度的并行作业中开启新的任务，使用该参数时大部分的参数都将被忽略，只有-verbose, -v 和 -V 可以使用。
可以使用-v PWD 来代替-cwd-j y[es]|n[o]
定义作业的标准错误输出是否写入的输出文件中 -js job_share 定义作业与其他作业共享关系.-jsv-l resource=value, 表明作业运行所需要的资源。-m b|e|a|s|n 。定义邮件发送规则。b：作业开始时发送。e：作业结束时发送。a：作业失败时发送 s：作业挂起时发送。n：不发送-M user[@host] 定义邮件地址-masterq wc_queue_list ：定义主队列。？？？？-notify ：定义发送SIGSTOP or SIGKILL信号的延迟时间-now y[es]|n[o]：立即执行作业-N 作业名-noshell-nostdin-o [[hostname]:]path ：定义输出文件路径、文件名-ot override_tickets：定义覆盖票-P project_name：定义项目名称-p priority ：定义优先级-pe parallel_environment：定义并行环境-q wc_queue_list：定义作业运行队列-R y[es]|n[o]：定义是否为作业保留资源。-r y[es]|n[o]：定义作业失败后是否重新运行-soft 定义作业被调度的软性要求-sync y[es]|n[o]：定义qsub是否等待直到作业结束-u username,只有qlter命令可以使用该参数。修改作业的用户名-v variable：定义环境变量-verbose 使qrsh命令输出信息-verify 验证作业参数时使用-V 传递当前命令的所有环境变量-wd working_dir ：定义工作目录---------------------------------------------------------------------------USE of Sun Grid Engine（SGE）Jobs submition
qsub ---> submit batch jobJob information display
qstat ---> displays status listingsJob management
qhold ---> hold back a pending submitted job from
qrls ---> release held job for execution
qdel ---> delete a job from a queue
---> suspend a job from execution
---> release suspended job for executionA first look at job submission：
create a shell script and make it executablevi script1.sh # create a shell scriptchmod u+x script1.sh # make it executablethe shell script
#$ -S /bin/sh
/share/apps/bin/blastall -p blastp -i test.fa -d nrsubmit shell script with a given job name (note use of
-N option)?
qsub -N mytest script1.sh
check the status of job (note use of -u option)?
qstat -u testthe output of stdout and stderr appear in files in your
home directory
ls *.o*, *.e*qdel：To terminate a job, first get the job-id with
qstatqstat -u useridTerminate the job
qdel job-idTerminate the job that is running (forced)?
qdel -f job-idqmod： To suspend a job, first get the job-id with
qstatqstat -u useridSuspend the job
job-idRelease the job for execution?
qmod -us job-id网格计算和SGE从
概念上讲，网格很简单。它是执行任务的计算资源的集合。对用户而言，它就是一个大系统，提供单个切入点，以访问强大而分散的资源。用户将网格视作单个计算
资源。资源管理软件（如Sun Grid
Engine）接受由用户提交的作业，并根据资源管理策略将作业安排在网格内适当的系统上执行。用户可以一次提交数千个作业，而不必考虑它们在何处运行。什么是Cluster grids？网格的类型：Cluster grids , campus grids and global grids.集群网格（cluster grids）包括许多计算资源，SGE帮助我们将这些一起工作的资源合理地提供给一个项目或一个部门的用户。SGE的工作原理Sun Grid Engine 软件为用户提供了向Sun Grid Engine 系统提交要求计算的任务的方法，以透明地分配相关的工作负荷。用户可以向Sun Grid Engine 系统提交批处理作业、交互式作业和并行作业。Sun Grid Engine用以下方式调解可用资源和作业需求。通过Sun Grid Engine 系统提交作业的用户描述出作业需求的概况。此外，系统还要检索用户的身份以及他或她与项目或用户组的从属关系。用户提交作业的时间也将存储起来。准确地说，在队列被定为可以对新作业执行操作的那一刻， Sun Grid Engine 系统就决定了适合该队列的作业，并立即分派具有最高优先级或等待时间最长久的作业。 Sun Grid Engine 队列允许同时执行许多作业。Sun Grid Engine 系统将尽量在负荷最小且最适合的队列中开始新的作业。为什么用SGE？ 用户：用户能够自由地在单一的控制节点上投放上千个的任务，而不必关心任务在哪个节点运行，这样就大大简化了用户的使用。 管理员：提供广泛的工具，用以监控投放的任务。SGE能做什么？ 系统接受用户所投放的任务，并基于最优的资源管理方案，将任务列队在适合的网格内系统上，等待运行。 SGE依据由管理者制定的规则，检测到网格内的所有可用资源，聚集资源，并在该网格内自动地最优地分配和路由资源。SGE怎样工作？ 接受用户投放的任务； 在任务运行以前，将任务放在一个存储区域； 发送任务到一个执行设备，并监控任务的运行； 运行结束时写回结果并记录运行日志。SGE的组成 节点（Hosts） 后台程序（Daemons） 队列（Queues） 用户命令（Client Commands）SGE的组成 节点（Hosts） Master Hosts Execution Hosts Administration Hosts Submit Hosts 后台程序（Daemons） 队列（Queues） 用户命令（Client Commands）SGE的组成 节点（Hosts） 后台程序（Daemons） sge_qmaster – the Master Daemon sge_schedd – the Scheduler Daemon sge_execd – the Execution Daemon sge_commd – the Communication Daemon 队列（Queues） 用户命令（Client Commands）队列的概念 队列为任务提供服务； SGE允许同时运行多个任务，系统会试着这最小负荷的合适队列开始新的任务； 在SGE中队列就是存放能在某一节点上运行的所有任务的容器。一个队列从某种方面也决定了所含任务的属性。用户命令用户命令是一组辅助程序命令。他可以帮助我们管理队列，提交和删除任务，检测任务的状态，中断/开始队列和任务。qacct
qtcsh qacct – 此命令从群集日志文件中抽取任意帐户信息。 qalter – 此命令更改已提交但正处于暂挂状态的作业的属性。 qconf – 此命令为群集和队列配置提供用户界面。 qdel – 用户、操作人员或管理人员可使用此命令向作业或其子集发送信号。 qhold – 此命令阻止已提交作业的执行。 qhost – 此命令显示Sun Grid Engine 执行主机的状态信息。 qlogin – 此命令启动telnet 或类似的登录会话，并自动选择负荷较低并且较 为适合的主机。 qmake – 此命令可取代标准的UNIX make 命令工具。它扩充了make 的功能，能够将相互独立的make 步骤分配到一组适合的机器。 qmod – 此命令使拥有者可以暂停或启用队列（将信号发送给当前与此队列相关的所有活动进程）。 qmon – 此命令提供了X-windows Motif 命令界面和监视工具。 qresub – 此命令通过复制正在运行或暂挂的作业，创建新的作业。 qrls – 此命令释放先前被阻止执行的作业，例如通过qhold （见上）阻止执行。 qrsh – 此命令用途很多，比如： 提供通过Sun Grid Engine 系统执行的远程交互应用程序— 与标准的UNIX命令工具rsh 相似 允许提交批处理作业，一经执行便可支持终端I/O （标准/ 错误输出和标准输入）以及终端控制提供批处理作业提交客户机，该客户机在作业完成之前一直保持活动状态允许Sun Grid Engine 软件控制并行作业的任务远程执行 qselect – 此命令显示与指定选择标准相对应的队列名称列表。qselect的输出结果通常送往其它Sun Grid Engine 命令，以便对选定的一组队列执行操作。
qsh – 此命令在负荷较低的主机上打开交互式shell （在xterm 中）。所有类型的交互式作业均可以在此shell 内运行。 qstat – 此命令列出所有与群集相关的作业和队列的状态。 qsub – 此命令是将作业提交到Sun Grid Engine 系统的用户界面。 qtcsh – 此命令与众所周知并普遍使用的Unix C-Shell (csh) 派tcsh 完全兼容，并能替代它。它扩展了命令shell 的功能，即通过Sun Grid Engine 软件将指定应用程序的执行透明地分配给适合的并且负荷较低的主机。察看队列属性% qconf ¨Csql ¨C 显示队列列表% qconf -sq 队列名 ¨C 显示该队列属性 qname – 所请求的队列名称。 hostname – 队列所处的主机。 processors – 多处理器系统中此队列有权访问的处理器。 qtype – 允许在此队列中运行的作业类型。目前包括批处理作业、交互式作业、点检查作业、并行作业或它们的任意组合或相互转换的作业。 slots – 可在队列上同时执行的作业数量。察看队列属性 owner_list – 队列的拥有者。 user_lists – 此参数下所列的用户访问列表中标识的用户或组有权访问此队列。 xuser_lists – 此参数下所列的用户访问列表中标识的用户或组无权访问此队列。 complex_list – 列于此参数下的属性组与队列相关联，而且这些属性组中所含的属性构成此队列的可请求属性组。 complex_values – 提供给此队列的某些属性组属性的赋值。察看主控主机 由于主控主机会随时可能在当前的主控主机和某个影像主控主机之间切换，主控主机的位置对用户来说应该是透明的。 用文本编辑器，打开/opt/grid-engineer/default/common/act_qmaster 文件。此文件中有当前主控主机的名称。显示执行主机 % qconf ¨Csel显示当前配置为执行主机的所有主机的列表。 % qconf -se 主机名称显示指定的执行主机的详细信息 % qhost显示执行主机的状态和负荷信息显示管理主机% qconf -sh显示有管理权限的主机列表显示提交主机% qconf -ss可请求的属性
提交一个Sun Grid Engine 作业时，可指定该作业的需求概况。用户可以指定作业所需的主机或队列的属性或特性以保证作业成功运行。Sun
Grid Engine 将这些作业需求映射到Sun Grid Engine 群集的主机和队列的配置，从而找到适合该作业的主机。 可用的属性包括队列特性列表、全局属性和主机相关属性的列表，以及管理员定义的属性。但是，为方便起见， Sun Grid Engine 管理员通常只将一个所有可用属性的子集定义为可请求。显示可请求属性列表% qconf –scl显示已配置的属性组列表属性组包含一组属性的定义。有三种标准属性组：global – 针对群集全局属性（可选）host – 针对主机特有的属性queue – 针对队列特性的属性显示可请求属性列表% qconf -sc 属性组名称[,...]显示某个特定属性组的属性 名称一栏中的显示与qconf -sq 命令显示的第一栏基本相同 缩写名一栏包含可由管理员定义的第一栏中全名的缩写 可否请求一栏表明是否可将相应的项用于qsub 关系栏定义关系运算以用于计算队列是否满足用户请求 可否使用栏和缺省值栏对管理员极其有用，管理员可以用它们声明?°可使用资源?±，。用户可以像请求其它属性一样请求可使用资源用户访问权限 获得当前配置的ACL 列表% qconf -sul 显示一个或多个访问列表中的项% qconf -su ACL 名称[,...]注：ACL 包含用户帐户名和UNIX 组名， UNIX 组名用前缀“@”标识出来。这样即可确定您的帐户所属的ACL。从命令行运行简单作业 执行任何Sun Grid Engine 命令之前，必须设置适当的可执行搜索路径和其它环境条件。 % qsub /opt/grid-engineer/examples/jobs/simple.sh qsub 命令应确认作业已成功提交：您的作业1 ("simple.sh") 已提交 % qstat 命令检索作业的状态信息 若qstat 命令没有产生输出，则系统实际上无已知作业。结果：simple.sh.o1 和simple.sh.e1。提交批处理作业Shell
脚本即批处理作业，主要指集成到一个文件中的一系列命令行指令。chmod命令可使脚本文件变成可执行文件。一旦调用脚本，即可启动相应的命令解释器（例
如， csh、tcsh、sh 或ksh），解释每条指令，其结果等同于执行脚本的用户手动输入这些指令。您可以在一个shell
脚本内调用任意命令、应用程序和其它shell 脚本。脚本文件示例#!/bin/csh# This is a sample script file for compiling and# running a sample FORTRAN program under Sun Grid Engine.cd TEST# Now we need to compile the program "flow.f" and# name the executable "flow".f77 flow.f -o flow资源需求定义实际上要执行主机成功完成作业，大部分作业要求一些先决条件。这些先决条件包括足够的可用内存、安装所需软件或某种操作系统体系结构。而且，群集管理者也经常对群集中的机器加上一些使用限制。例如，作业可使用的CPU 时间就常常受到限制。资源需求示例 % qsub -l arch=solaris64,h_vmem=750M,permas=1 \permas.sh 要求至少有750 MB 内存的solaris64 主机，且该主机要有可用的permas 许可证。SGE如何分配资源资源分配算法1. 读入并分析所有缺省的请求文件。2. 处理脚本文件的内嵌选项。3. 提交作业时读取所有脚本的内嵌选项，而不考虑其在脚本文件中的位置。4. 从命令行读取和分析所有请求。SGE如何分配资源评估请求优先顺序1. 脚本/ 缺省请求文件从左到右2. 脚本/ 缺省请求文件从上到下3. 命令行从左到右SGE如何分配资源评估请求优先顺序1. 脚本/ 缺省请求文件从左到右2. 脚本/ 缺省请求文件从上到下3. 命令行从左到右SGE如何分配资源 分配所请求的硬性资源。若请求无效，将拒绝提交。若提交时无法满足一个或多个请求（例如被请求的队列正忙），作业将假脱机，稍后重新调度。若所有硬性请求都能满足，将分配这些资源，作业可以运行。 检查所请求的软性资源。即使部分或全部请求无法满足，作业仍可运行。若多个队列（已满足硬性资源请求）提供了部分软性资源列表（重叠或不同）， Sun GridEngine 软件将选择满足最多软性请求的队列。提交作业 % qsub flow.sh % qsub -N Flow -p -111 -a .00 -cwd \ -S /bin/tcsh -o flow.out -j y flow.sh big.data % qsub -N Flow -p -111 -a .00 -cwd \-S /bin/tcsh -o flow.out -j y -pe mpi 4-16 \-v SHARED_MEM=TRUE,MODEL_SIZE=LARGE \ -ac JOB_STEP=preprocessing,PORT=1234 \-A FLOW -w w -r y -m s,e -q big_q\-M
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